Il peut paraitre très subversif dans les thèmes abordés (viol, inceste, matricide, magie noire...) ou dans l'attitude de certains personnages (Elvira découpant certains passages de la Bible pour "protéger" sa fille Antonia ou le moine vendant son âme au diable). C'est pour cela que le roman fut censuré à son époque.. Néanmoins, la morale reste ancrée dans les us et coutumes de la société. Antonia et Ambrosio sont voués dès le départ à une mort certaine car ils sont les enfants d'un mauvais mariage (un noble avec une roturière). Dans ce sens, Le Moine véhicule les peurs aristocratiques de l'effondrement de l'ordre hiérarchique social. De plus, si Béatrice et Agnès sont enfermées dans un caveau et doivent être confrontées à la mort (la leur ou celle de leur descendance) c'est parce qu'elles ont failli à leur devoir, rompant leurs voeux religieux pour des amours impurs. Ainsi, la raison doit soumettre la passion. Le Moine peut donc être vu comme un roman conventionnel.