L’histoire . Fils de Pierre Rougon et de Félicité Puech, Pascal Rougon a cinquante-neuf ans quand commence le récit. Il vit à Plassans, dans une propriété appelée la Souleiade, où il poursuit depuis trente ans un travail sur l’hérédité comprenant comme champ d’étude sa propre famille. Il a notamment accumulé sur chaque membre des Rougon-Macquart des dossiers que sa mère aimerait détruire, car ils pourraient compromettre la postérité de la famille… Elle a réussi à convaincre Martine, la servante de Pascal, et Clotilde, la nièce que Pascal héberge depuis qu’elle a sept ans, de l’aider dans ce projet de destruction, en misant sur leur dévotion et leur souci de sauver l’âme de leur maître. Cependant, Pascal réussit, au prix d’une surveillance de tous les instants, à empêcher l’accès à l’armoire qui contient les fameux documents. La première partie du livre est le récit de cette lutte acharnée entre Pascal, qui représente la culture et le progrès scientifique, et les trois femmes, qui symbolisent l’obscurantisme, pour mettre la main sur les documents. Une scène marquante est celle de la nuit où Clotilde, profitant du sommeil de son oncle, dérobe la clef et ouvre l’armoire. Pascal parvient à l’empêcher à temps de détruire ses documents et décide alors de lui révéler la terrible généalogie de leur famille : la plupart des membres sont en effet frappés par une destinée tragique.