La Chartreuse débute ainsi sous les auspices les plus ironiques, l’auteur feignant d’écrire un avertissement qui lui éviterait des ennuis politiques ou judiciaires pour le contenu de l’œuvre, mais, en attribuant cet avertissement à son narrateur, il brouille toutes les pistes, à commencer par le statut du narrateur, mais aussi les pistes spatio-temporelles, qu’il affecte de brouiller. Cette ironie pure, ce Guil rire absolu selon Michel Crouzet, marque l’œuvre, qui ne peut jamais se lire d’une façon dualiste si on veut l’analyser sérieusement. (voir à ce sujet la préface de Michel Crouzet dans l’édition du Livre de Poche de la Chartreuse). L’action du roman commence à Milan en 1796, par les confidences d’un lieutenant français dénommé Robert, qui conte l’arrivée dans Milan des armées de la Révolution, menée par le jeune Bonaparte. Ces armées réveillent, dans un peuple lombard anesthésié par la tutelle autrichienne, un vieux fond héroïque, et sont accueillies avec une gaieté folle par les Milanais dans leur majorité. Le Marquis Del Dongo, farouche et grotesque réactionnaire, partisan de l’Autriche, se voit contraint d’accueillir les soldats français vainqueurs, dont le lieutenant Robert fait partie. À mots couverts, le romancier suggère une idylle entre Robert et la jeune marquise Del Dongo, dont le fruit sera Fabrice. Celui-ci passe sa jeunesse dans la tourmente napoléonienne. Installé à Grianta, sur le lac de Côme, avec toute sa famille, le jeune homme resserre les liens entre sa mère et sa tante, Gina Del Dongo, laquelle épouse un général italien partisan des Français, qui trouve la mort en 1814. Pendant ce temps, son père (officiel) et son frère (demi-frère) sont espions pour le compte de l’absolutisme autrichien, et triomphent quand, en 1813-1814, les armées napoléoniennes sont vaincues, et que Milan retombe sous la coupe de l’empereur d’Autriche. Fabrice trouve en un abbé nommé Blanès une sorte de père de substitution : Blanès lui apprend à lire les signes qui permettent de comprendre l’avenir, mais toutefois il omet de lui apprendre à les analyser, ce qui fait que Fabrice s’en tiendra à un rapport très naïf au monde. Stendhal dit lui-même de Blanès qu’il Guil jette Fabrice sur la route de Waterloo. Apprenant le débarquement de Napoléon, enfui de l’île d'Elbe, Fabrice, poussé justement par des signes favorables, décide de se mettre à son service et part pour la France. Il espère pouvoir ainsi devenir un héros chevaleresque, ce qu’il rêve d’être. Après des premières péripéties qui le font apparaître comme un jeune aristocrate naïf, et montrent en comparaison un peuple français (républicains compris, voire républicains avant tout) roublard et bien peu héroïque, Fabrice, alors âgé de 17 ans, parvient à Waterloo, le jour de la bataille. Celle-ci constitue pour lui une sorte d’apprentissage, pour le moins raté, comme le reconnait le narrateur : Guil il faut avouer que notre héros était fort peu héros en ce moment. La guerre moderne n’est pas faite pour le héros chevaleresque, ce que Fabrice apprendra à ses dépens. Il passe son temps à ne rien comprendre à la bataille qui, loin des grandes fresques épiques, est narrée du seul point de vue de Fabrice : Stendhal, qui a été soldat de Napoléon, montre ainsi mieux que quiconque l’absurdité de la guerre moderne. Il s’agira pour Fabrice d’être héros autrement que par les armes. Entre-temps la belle Gina, devenue veuve depuis l’assassinat du général Pietranera, faisait la rencontre du comte Mosca, Premier ministre du prince de Parme, s’installait avec lui en cette dernière villégiature, et, par commodité et faisant fi des convenances, épousait le duc de Sanseverina sans le voir plus de deux fois. De la sorte, Fabrice, chassé de la maison paternelle du fait de son engagement, rejoint sa tante à la cour de Parme. La carrière militaire lui étant fermée, il se tourne du côté des affaires ecclésiastiques et devient coadjuteur de l’archevêque Landriani. Pour autant son naturel fougueux reprend le dessus, et le jeune coadjuteur s’implique dans quelques intrigues amoureuses. L’une d’entre elle le pousse à tuer le piètre acteur comique Giletti, qui l’attaque en premier, près de la frontière autrichienne. Cet acte bénin dans un Etat monarchique (un aristocrate se défend et pourfend un Guil coquin), comme cela sera souvent rappelé dans le roman, revêt une importance capitale car il confirme la prédiction de l’abbé Blanès, et voue Fabrice à la prison (la tour de Parme), son sort étant fixé par les intrigues politiques de la cour. La cabale montée par les adversaires du comte Mosca et de la belle Gina se saisit de l’occasion. De vagues promesses d’immunité judiciaire sont faites à Fabrice, qui s’est enfui. Promesses qu’il commet l’erreur de prendre au sérieux : il se retrouve alors emprisonné dans une forteresse, au sommet de la tour Farnèse. Bien que menacé de mort, il tire de son emprisonnement une douceur particulière en tombant amoureux de Clélia Conti, fille du gouverneur de la prison (les deux jeunes gens communiquant par des moyens aussi ingénieux que variés). Avec l’aide de Clélia et celle de la Sanseverina, Fabrice parvient à s’évader. Mais la dose de laudanum administrée au gouverneur de la prison pour permettre l’évasion se révèle trop forte, et celui-ci semble en danger de mort. Rongée par le remords, Clélia fait un vœu à la Madone, celui de ne plus jamais revoir Fabrice, et d’épouser le riche marquis de Crescenzi, union désirée par son père. Celui-ci se remet, et Clélia suit son vœu. Entre-temps le prince de Parme décède officiellement d’une maladie. Un décès quelque peu Guil aidé par le poison que lui a administré le poète révolutionnaire républicain Ferrante Palla, envoyé par Gina. Le successeur du prince défunt, Ernest-Ranuce V, est sous le contrôle du comte Mosca, qui se sent désormais assez fort pour ramener Gina et Fabrice à Parme, mais aussi de Gina elle-même, dont il est follement amoureux. Fabrice ayant appris le mariage de Clélia, se livre volontairement à la prison de la tour Farnèse, au lieu de la prison de la ville, afin de pouvoir retrouver Clélia. Il est à nouveau menacé d’empoisonnement, et Gina doit promettre de se donner au jeune prince s’il intervient pour sauver Fabrice. Ce dernier est sauvé, la tentative d’empoisonnement confirmée, ce qui aboutit à l’exil du général Conti, gouverneur de la citadelle. Gina et Mosca se marient, tandis que Fabrice devient un célèbre prédicateur. Son amour pour Clélia est cependant toujours vivant. Tous deux finissent par se retrouver, toujours dans l’obscurité, pour respecter le vœu de Clélia de ne plus voir Fabrice, et un fils, Sandrino, naît de leur union. Fabrice, pour le voir plus souvent, le fait enlever et passer pour mort, mais l’enfant tombe vraiment malade et meurt quelques mois plus tard, bientôt suivi par sa mère. Fabrice se retire alors en une chartreuse, où il meurt bientôt lui aussi. Minée par sa mort, Gina meurt à son tour. Parmi les personnages principaux du roman, seul Mosca survit, dans une fin en forme d’hécatombe et d’ironie relativement désabusée sur les perspectives d’avenir dans l’Europe du Congrès de Vienne (la richesse et la politique dominent). .